Cada intrumento de Cmix pede ser dividido en tres secciones. La primera seccion contiene las declaraciones de las variables usadas por el instrumento asi como la inclusion de varios archivos "header" (encabezamiento) que contienen las declaraciones de las variables y funciones usadas por Cmix. La segunda seccion inicializa las variables necesarias al instrumento para funcionar y seguido determina los puntadores a los arrays (construidos por el comando *makegen* en el archivo partitura) para ser usado como control de envolvente o forma de onda. Las lineas de retardo son tambien establecidas e inicializadas en esta seccion del instrumento. La tercer seccion es la que procesa las muestras de sonido, ejecutan las entradas y las salidas hacia los archivos de sonidos y calculan lo necesario para producir un algoritmo particular de procesamiento de se&ndilde;ales o de sintesis. Esta seccion esta generalmente delineada por un "for" como:
Si bien existen algunas variantes en el esquema de esta tercera seccion, y no es siempre la mejor estrategia para ciertos algoritmos, muchos intrumentos de Cmix tienden a seguir esta linea.